常用的冷冻保存法包括：
①低温冰箱保存法（－20℃、－50℃或－85℃）：低温冷冻保存时使用螺旋口试管较为方便，也可在棉塞试管外包裹塑料薄膜。保存时菌液加量不宜过多，有些可添加保护剂。此外，也可用φ5mm的玻璃珠来吸附菌液，然后把玻璃珠置于塑料容器内，再放入低温冰箱内进行保存的。
②干冰保存法（－70℃左右）：即将菌种管插入干冰内，再置于冰箱内进行冷冻保存。
③液氮保存法（－196℃）：是适用范围*的微生物保存法。其操作步骤如下，a、装安瓶管：使用尽量浓厚的菌体悬浮于含有适当防冻剂（保存霉菌不用防冻剂）的灭菌溶液中，将0.2～1ml的这种溶液分装于安瓶中，或在装有分散剂的安瓶中直接接种，或将菌丝体琼脂块直接悬浮于分散剂中。
b、熔封安瓶管：若直接贮存于气相液氮中（－150℃～－170℃）时，则不需熔封。
c、检查安瓶管是否熔封良好：即在4℃下，将熔封安瓶管在适当的色素溶液中浸泡2～30分钟后，观察有无色素进入安瓶。
d、缓慢冷却：将熔封安瓶管置于小罐中，然后用液氮气以约1℃/min的速度冷却至－25℃左右，也可在－20℃～－25℃的冰箱内缓慢冷却30～60min。
e、速冷：最后浸入液氮中快速冷却至－196℃。
7、冷冻干燥保存法：其原理是首先将微生物冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分。事实上，从菌体中除去大部分水分后，细胞的生理活动就会停止，因此可以达到长期维持生命状态的目的。该方法适用于绝大多数微生物菌种（包括噬菌体和立克次氏体等）的保存。
在进行冷冻干燥时，需注意以下几个问题：
a、冷冻干燥前的培养条件：首先检验菌种纯度。一般地说，将待保存的微生物在营养丰富且容易增菌的培养基上进行培养为宜；菌龄以达到对数生长期为好；若为有芽孢或孢子的微生物，则以芽孢和孢子形成以后进行保存为好；菌液浓度以高为好，如细菌应达到109～1010/ml。
b、菌株号码等的标记：可在安瓶外侧标记或在安瓶内封入标签。
c、安瓶的准备：将安瓶在2%HCl中浸泡过夜，自来水冲洗3次后，蒸馏水刷净，干燥，塞棉塞，贴标签，干热灭菌或温热灭菌后，60℃恒温干燥。
d、添加保护剂：常用的保护剂有脱脂乳、12%蔗糖、加7.5%葡萄糖的普通肉汤以及加7.5%葡萄糖的血清等等。
8、Bordelli氏法：取干净的小试管（8×60mm）塞上棉塞，灭菌。用灭菌的脱脂牛乳洗脱试管斜面上的菌苔，制成浓厚菌悬液。然后用无菌吸管将菌悬液滴入小试管底部。每管一滴，然后转动小试管使菌液分散在试管底部的壁上。标记菌名。将小试管装在15×150mm的试管中，在大试管底部事先装上1.5cm高的（P2O5或KOH），管口用带玻璃管的橡皮塞塞紧，蜡封。将大试管与真空泵连通，抽真空至0.1～0.2mm汞柱时，将玻璃管熔封，置室温暗处或冰箱保存。
仪器与材料1、斜面菌种：丝状真菌、酵母菌、芽孢杆菌和无芽孢杆菌各一支。
2、接种用具一套。
3、灭菌物品：1ml、5ml吸管，长滴管，安瓶管，9ml无菌水试管，砂土管，液体石蜡，脱脂牛乳。其中，液体石蜡的处理为1.5kg/cm2压力灭菌1小时或1kg/cm2压力灭菌3次，每次30分钟。接着检查是否*无菌，即接入肉汤中检查有无杂菌生长。最后放在60～80℃轰烤以去除水分。脱脂牛乳的处理为2000rpm离心10分钟脱脂，然后0.5kg/cm2压力灭菌20分钟，或间歇灭菌3次，经检查无菌后备用。
4、P2O5，无水CaCl2各一瓶。
5、真空干燥器，真空泵。
方法1、液体石蜡覆盖法：取待保存的菌种斜面，用5ml无菌吸管向内加入灭菌石蜡，要求液体石蜡高出菌斜面1cm左右，若不够此高度，则常会引起斜面抽干现象。
2、砂土管法：用1ml无菌吸管吸取0.2～0.5ml菌悬液，滴入砂土管中，充分混匀后，将砂土管放入真空干燥器内，抽干，真空干燥器内需放置无水CaCl2。最后，将干燥好的砂土管取出，迅速于火焰上蜡封管口，并在室温下或冰箱中进行保存。
3、冷冻干燥保藏法：
①用灭菌长滴管取出2滴（约0.1ml）无菌脱脂牛乳，置于无菌安瓶管中，然后用另一支无菌滴管取出等体积的浓菌液，同样置于此安瓶管中，充分混匀。
②集中安瓶管，置于100ml烧杯中，将烧杯装进真空冷冻干燥器的钟罩内，开机并开冷却水后，使菌液在－20℃温度下迅速冻结成固体，然后抽真空使水分升华，2小时后，可以停止冷冻并在稍高的温度下进行干燥，直至全干为止。
③最后取出安瓶管，并将其与真空泵连接，再抽真空后，迅速将安瓶管熔封，最后冰箱保存。
4、甘油管保藏法：在5ml菌种保藏管中，将等体积的菌悬液和40%的甘油充分混匀后，于－20℃冰箱中保存。
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